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El Departamento, adscrito a Madrid Salud, desarrolla fundamentalmente sus funciones en el campo de la inspección alimentaria (control oficial de los productos alimenticios) y el control del agua potable en grifo del consumidor.

Para ello dispone de un equipo de inspectores sanitarios, que de acuerdo con los procedimientos documentados en su Sistema de Gestión y con la normativa aplicable, realizan sus funciones en tres campos concretos:

1. Inspección y toma de muestras de alimentos en los establecimientos alimentarios de Madrid, en colaboración con las Juntas Municipales de Distrito.
2. Control sanitario del agua de consumo en grifo (colegios, fuentes de beber de parques  y vías públicas, establecimientos alimentarios, viviendas en caso de incidencias acaecidas, etc.)
3. Inspección de los medios de transporte de alimentos y control de las condiciones de estos últimos.