Panteón conmemorativo
A los pies del presbiterio se encuentra la tumba de Goya. Es de granito y tiene adosada la lápida de piedra caliza que señalaba su sepultura en el cementerio de la Grand Charteuse en Burdeos.
Goya murió en dicha ciudad francesa en 1828, donde se había exiliado voluntariamente en tiempos de Fernando VII. Más tarde sus restos fueron trasladados a España y el 29 de noviembre de 1919 recibieron solemne sepultura en esta capilla, elegida por Alfonso XIII como el lugar más idóneo para su panteón.
El pintor fue enterrado en Francia con su amigo y consuegro Martín Miguel de Goicoechea y siguen descansando juntos en San Antonio de la Florida, pues se trajeron los dos cuerpos ante posibles dudas de identificación. Además, al abrir por primera vez el mausoleo que ocupaban ambos en Burdeos, no se localizó el cráneo de Goya. Lo sucedido sigue siendo un misterio y surgieron distintas hipótesis al respecto, aunque la tesis que tiene más fuerza es que se utilizara para estudios frenológicos.