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Madrid río se ha configurado como un gran corredor ecológico, donde se habrán plantado más de
33.623 nuevos árboles, 470.844 arbustos y 210.898 metros cuadrados de pradera de baja demanda hídrica.

El nuevo arbolado corresponde a 47 especies  diferentes, predominando el Pino Carrasco  
(Pinus halepensis), con 12.209 unidades, el Pino Piñonero (Pinus pinea), con 4.023 y el Álamo Negro (Populus).
Negra), con 2.237, seguidos del Ginkgo Biloba con 1.884, Plátanos (Platanus hispánica) con 1.538, Fresnos (Fraxinus species) con 1.027 y Castaños de Indias (Aessculum hipocastanum) (1.096). Con menos de mil ejemplares, se incluyen otras muchas variedades, entre ellas, Encinas (Quercus ilex), distintas variedades de Prunos y de Arces (Acer species). Por lo que se refiere a los arbustos, provienen de 38 especies diferentes, entre las que predominan las plantas aromáticas, las trepadoras y las tapizantes.

Por otra parte, el río es un corredor de la fauna migratoria y de la que se desplaza entre los parques situados al noroeste de la ciudad (Casa de Campo, Parque del Oeste, El Pardo) y los grandes Parques del sureste (Manzanares Sur y Parque de Tierno Galván), actuando como un eje abierto y pacífico de comunicación de las aves y de los animales de desplazamiento nocturno.

Por lo que se refiere al cauce del río Manzanares, en las siete presas rehabilitadas, desde la presa número 3 situada al norte, en la proximidad del Puente de los Franceses, hasta la presa número 9 situada al sur del Puente de la Princesa, se ha incorporado, habitualmente en la margen derecha, la denominada "escala de peces", que es un sistema de niveles de agua que permite que la fauna subacuática pueda circular por el río  sin la interrupción de las presas, evitando que puedan quedar confinadas por tramos, lo que les proporciona vitalidad biológica y facilita la pesca deportiva en determinados ámbitos de Madrid Río.